Par arrêtés du 17 mai 2016 sont désignés :
- « site Natura 2000 plateau de Beauregard » (zone de protection spéciale) sur les communes de La Clusaz, Manigod et Thônes.
- « site Natura 2000 vallée de l’Arve » (zone de protection spéciale) sur une partie du territoire des communes suivantes : Arenthon, Arthaz-Pont-Notre-Dame, Bonneville, Contamine-sur-Arve, Etrembières, Gaillard, Marignier, Marnaz, Monnetier-Mornex, Nangy, Reignier-Esery, Saint-Pierre-en-Faucigny, Scientrier, Thyez, Vougy.