Par arrêtés du 10 février 2016 sont désignés site Natura 2000 :
- bancs des Flandres;
- ridens et dunes hydrauliques du détroit du pas de Calais;
- pelouses associées aux milieux forestiers des plateaux de basse Bourgogne;
- tourbières, marais et forêts alluviales de la vallée du Branlin;
- marais alcalin et prairies humides de Baon;
- Forêt de Cîteaux et environs;
- Etangs oligotrophes à littorelles de Puisaye, à bordures paratourbeuses et landes;
- Pelouses sèches à orchidées sur craie de l’Yonne;
- bassin d’Arcachon et Cap Ferret.